Principal affluent du Rhône, la Saône rejoint le fleuve à Lyon, délimitant la Presqu’Ile, qui s’étire jusqu’à leur confluence, au sud de la ville.
La Saône prend sa source au seuil de la Lorraine, à Vioménil dans les Vosges. Longue de 480 km, elle traverse quatre régions (Lorraine, Franche-Comté, Bourgogne, Rhône-Alpes) et cinq départements : les Vosges, la Haute-Saône, la Côte d’Or, la Saône et Loire et le Rhône. Son cours se divise en trois sections : la Haute-Saône jusqu’à Gray, la Petite-Saône de Gray à Verdun-sur-le-Doubs, la Grande-Saône jusqu’à Lyon. Ses principaux affluents sont la Tille, l’Ouche, le Doubs et la Brévenne. Son bassin hydrographique s’étend sur près de 30 000 km².
C’est une rivière puissante (débit moyen : 410 m3/s), mais sa pente, très douce entre sa source à 404 mètres d’altitude et sa confluence avec le Rhône à 158 mètres d’altitude, a toujours autorisé la navigation. Toutefois, les crues d’hiver ou le manque d’eau en été peuvent parfois perturber le trafic. La Saône, navigable sur 373 km, est reliée par des canaux à la Moselle, la Marne, l’Yonne et la Loire.
À Lyon, à l’occasion de la réalisation du parking Saint Georges, trois navires romains ont été exhumés par l’équipe de l’Institut national de recherches archéologiques préventives. Fabriquées en chêne et sapin, les trois embarcations sont assemblées sans cheville de bois : elles sont cloutées, tandis que du tissu assure les joints d’étanchéité. Ces bateaux datent vraisemblablement du Ier et IIème siècle de notre ère.
Une autre embarcation datée du XVIIIème siècle, à fond plat et flancs peu élevés, a été extraite par huit mètres de fond. Il pourrait s’agir d’une bêche pour le dragage, la pêche, ou le passage des lyonnais d’une rive à l’autre de la Saône, d’une savoyarde pour le transport des fourrages vers Lyon ou d’une couzonnaire pour l’acheminement des pierres de Couzon. Les recherches en cours le détermineront.
Ces découvertes archéologiques témoignent de l’activité ancienne de la batellerie sur la Saône.
A noter enfin que c’est sur la Saône, en 1783, que l’ingénieur Jouffroy d’Abbans expérimentera son “ pyroscaphe ”, ancêtre du bateau à vapeur ; malgré une navigation fructueuse jusqu’à l’Ile Barbe, il faudra attendre un demi siècle pour voir ce mode de transport se développer sur la Saône puis sur le Rhône.