Sur 150 km, le Haut-Rhône est partagé en 9 biefs de navigation. Bien qu’étant classé navigable de Lyon jusqu’à l’entrée du défilé de Génissiat, la navigation sur cette portion n’en reste pas moins difficile. C’est pourquoi un projet de remise en navigabilité du Haut-Rhône devrait ouvrir 62 km à la navigation de plaisance. Après l’étude pour la construction des nouvelles écluses de Chautagne et de Belley, la C.N.R prévoit des travaux en 2007 pour une mise en service en 2010.
De l’aval de Lyon jusqu’à la mer, le fleuve est géré par la Compagnie Nationale du Rhône. Ce tronçon de 323 km a des caractéristiques particulières : fort débit, crues entraînant des irrégularités, navigation commerciale à grand gabarit. Quatorze écluses rythment le parcours jusqu’au delta, ouvertes toute l’année de 5 h à 21 h et 24h sur 24 pour les bateaux de commerce (sauf le 11 novembre, le 25 décembre et le 1er janvier).
Au niveau du delta, le Petit Rhône forme le bras ouest du Rhône, reliant Arles à la mer sur une soixantaine de kilomètres. Le chenal est balisé jusqu’à Saint-Gilles, mais ne l’est plus au-delà : l’accès à la Méditerranée n’est alors possible qu’avec un faible tirant d’eau.
Les navigants empruntent alors :
- soit le Petit Rhône puis l'écluse de saint Gilles qui rejoint le canal du Rhône à Sète, pour se rendre dans ce port,
- soit plus généralement traverser Arles puis continuer sur le Grand Rhône jusqu'aux écluses:
. de Barcarin qui rejoint directement les darses
du port de Fos (réservée aux bateaux de
commerce),
. ou l'écluse de Port saint Louis qui donne accès
au port de plaisance et à la mer.
