Adopté en 2000, ce Programme décennal de restauration hydraulique et écologique du Rhône vise à redonner au fleuve sa vocation d’espace naturel, afin de retrouver « un fleuve vif et courant ». Il s’articule autour de plusieurs axes :
- la restauration des secteurs court-circuités par les aménagements grâce à l’augmentation des débits réservés, c’est-à-dire des débits du fleuve dans son lit naturel par opposition aux débits des canaux de dérivation ;
- la restauration des lônes et milieux annexes ;
- la reconquête des axes de migration et des communications piscicoles ;
- l’élimination des rejets polluants dans les tronçons court-circuités ;
- la valorisation touristique de ces opérations ;
sans oublier  le suivi scientifique de l’ensemble du programme.

Cinq tronçons ont été désignés prioritaires en fonction de leurs forts potentiels de réponses aux objectifs de restauration écologique : le Haut-Rhône, Pierre-Bénite, le Péage-de-Roussillon, Montélimar, Donzère-Mondragon auxquels s’est ajouté Miribel-Jonage. Aujourd’hui le secteur du Haut-Rhône est à mi parcours de son programme de réhabilitation (qui porte sur 3 aménagements) ; le site de Roussillon est quant à lui en cours d’achèvement des études préalables à l’augmentation des débits réservés.
 
En ce qui concerne le suivi du programme, l’exemple de Pierre-Bénite apporte un premier retour d’expérience. La restauration du Vieux Rhône à Pierre-Bénite a en effet précédé l’ensemble des opérations. Le débit minimum a été augmenté en 2000 et trois anciennes lônes recreusées dès 1999. Le suivi d’une série d’indicateurs (1995-2004) montre une nette évolution physique et biologique du système, et valide les tendances d’évolution prédites. Dans le chenal principal, les espèces de poissons ont été fortement modifiées. La proportion de poissons typiques des eaux courantes s’est accrue, de même sont apparus des invertébrés caractéristiques des grands fleuves. Cette évolution est en lien avec l’augmentation du débit.
Dans les bras restaurés, les populations aquatiques suivies restent supérieures en moyenne à celles observées dans les bras non réhabilités. La richesse spécifique de la végétation présente une évolution à la hausse, comme envisagée.
Cependant, le suivi doit se poursuivre car il est nécessaire de disposer d’un recul d’une dizaine d’années avant de pouvoir se prononcer définitivement sur la pérennité de ces changements.