Genève n’est pas un port fluvial mais uniquement un port lacustre. En effet, les transports par voie d’eau n’affectent que le lac lui-même, puisque la navigation sur le Haut-Rhône français, au-delà de Seyssel est impossible (d’abord en raison des « pertes du Rhône » puis à cause du barrage de Génissiat).
Ainsi, les barques lémaniques ne desservent que les échanges de marchandises au sein du lac, notamment les pierres des carrières de Meillerie qui sont utilisées pour la construction des habitations de Genève. Les bateaux utilisés subissent l’influence méditerranéenne puisque l’on trouve des embarcations à voile latine qui parcourent les différents ports du lac. Les produits provenant du fleuve sont transportés depuis Seyssel par voie terrestre avant d’être à nouveau embarqués pour le commerce lacustre.
A Genève, le transport de passagers perdure plus longtemps que sur le reste du bassin fluvial. D’ailleurs, aujourd’hui, le port est occupé en grande majorité par des bateaux de plaisance et c’est de cet endroit qu’est donné le départ du Bol d’Or, régate qui rassemble près de 600 voiliers.
Les bateaux de croisière constituent dorénavant le principal trafic du port genevois.