Du temps des Romains, Arles est, après Rome, la première ville de l’Occident et le port le plus fréquenté de la Gaule, Marseille ayant perdu sa domination après sa défaite contre César. C’est d’ailleurs à Arles que celui-ci construit la flotte utilisée lors du siège de la cité phocéenne. Entourée par les eaux, Arles vit essentiellement de sa batellerie puisqu’elle dispose d’un accès rapide et facile vers la mer grâce au Rhône et aux étangs. Cette zone de navigation est aujourd’hui en partie asséchée et la mer s’est éloignée en raison des dépôts successifs d’alluvions provenant du fleuve.
Les nombreuses corporations de bateliers (navicularii) et de charpentiers de bateaux attestent l’importance de cette ville dans le commerce et le transport des marchandises. Véritable plaque tournante, Arles bénéficie de deux façades, l’une maritime et l’autre fluviale. Cette particularité permet d’utiliser des embarcations spécifiques à ses conditions de transport. Les plus emblématiques sont les Allèges d’Arles, à fond plat et utilisant une voile, qui parcourent le delta de la fin du Moyen-Âge jusqu’au milieu du XIXème siècle.
Le port fluvio-maritime d’Arles, ouvert en 1983, progresse d’années en années. La viabilité économique de cet équipement se confirme avec 565 000 tonnes de marchandises chargées ou déchargées et un chiffre d’affaires de 1,2 millions d’euros en 2004. Un de ses atouts est la polyvalence avec des échanges d’engrais, de métaux, de céréales, de produits chimiques, de bois, de minéraux, de tourbe, papier et un trafic de conteneurs. L’activité est plus orientée à l’importation qu’à l’exportation. Le commerce persiste avec l’Europe du Nord, mais les échanges se font en majorité sur le marché français et les pays du pourtour méditerranéen, l’Algérie en tête.
Quant à la plaisance, la ville d’Arles envisage l’aménagement d’un port sur le canal d’Arles à Bouc ; celui-ci s’inscrirait dans un projet urbain d’ensemble, visant au développement sud de l’agglomération par la valorisation de ce bassin existant. Des études sont en cours et le projet envisagé prévoit plusieurs phases d’aménagement successives. La première porte sur la création de 153 anneaux dont 25 places pour les bateaux de passage, des commerces et un shipchandler. Ce futur port, point de départ de circuits fluviaux montants et descendants, s’insère dans le contexte d’un flux annuel de 2 800 bateaux au passage d’Arles.